RCircos.Validate.Genomic.Data中的错误：绘图数据中的一个或多个基因组位置超出了Mchr5的染色体长度

Question

我想在Rcircus上绘制以下数据并将其链接。

  srcTName srcTStart srcTEnd SeqNames    Start      End
1   Hchr18    657287  658525    Mchr5 30072897 30073562
2   Hchr18    830267  830721    Mchr5 32594399 32594708
3   Hchr18    903627  905104   Mchr17 93198252 93199733
4   Hchr18   2571338 2571954   Mchr17 71526682 71527049
5   Hchr18   2654877 2655933   Mchr17 71475296 71476291
6   Hchr18   2654877 2655933    Mchr1 18058862 18059032

H代表人类染色体，而M代表小鼠染色体。我想绘制每行元素之间的链接，例如Hchr18 657287到Mchr5 30072897之间的链接。

我总是会收到此错误：

  

RCircos.Validate.Genomic.Data（genomic.data，“ link”，   genomic.columns）：在地块数据中一个或多个基因组位置是   Mchr5的染色体长度之外。

我使用pslMap获得了映射的坐标，我也手动检查了坐标，它们很好，所以我不知道为什么会收到此错误。

这是我正在使用的代码：

    data(UCSC.Mouse.GRCm38.CytoBandIdeogram);
    data(UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram);

#   Generate link data from the two datasets.


    mouse.data <- mouse.bed;
    human.data <- input.bed;
    link.data <- data.frame(human.data[,1:3], mouse.data[,1:3]);


      human=UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram;
      mouse= UCSC.Mouse.GRCm38.CytoBandIdeogram;

#   Assign H and M to humans and mouse
        species.list <- c("H", "M");
         cyto.list <- list(human, mouse);
         RCircos.Multiple.Species.Core.Components(cyto.list,species.list, NULL, 5, 5);
            data.list <- list(human.data,mouse.data);

             link.data[,1] <- paste(species.list[1], link.data[,1], sep="");

             link.data[,4] <- paste(species.list[2], link.data[,4], sep="");


#   Set up the parameters
             params <- RCircos.Get.Plot.Parameters();


             params$chrom.width<-0.3;
             params$chrom.paddings=2000;
             params$base.per.unit <- 30000;

             RCircos.Reset.Plot.Parameters(params);

#       Create the plotting space

         pdf(file="MousevsHuman.pdf", height=8, width=8);
        RCircos.Set.Plot.Area();
            par(mai=c(0.25, 0.25, 0.25, 0.25));
            plot.new();
            plot.window(c(-2.5,2.5), c(-2.5, 2.5));

#   Plot chromosome ideogram and link lines
           RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();

            data(RCircos.Gene.Label.Data);

            track.num<-1;

        RCircos.Link.Plot(link.data, track.num, FALSE);
        title(" Mouse and Human Gene Expression");

        legend(1, 2, legend=c("Right: Human","Left:  Mouse"), cex=0.8);

          dev.off();

         message("done ...\n\n");