如何使用R中的genoPlotR为基因组数据创建图（生物信息学）

Question

我正在使用R中的genoPlotR绘制两种生物的基因顺序。我的数据以gb格式从Nucleotide NCBI数据库下载。我的数据很完美，然而，基因的名称似乎被挤满了，我真的没有办法在它们之间留出空间或扩大细分市场的规模。

我的代码如下：

数据文件：

twelve<-try(read_dna_seg_from_file("//Users/location/12.gb"))

thirteen<-try(read_dna_seg_from_file("//Users/location/13.gb"))

注释文件：

ann_twelve<-annotation(x1=middle(twelve), text=twelve$name, rot = 30)

ann_thirteen<-annotation(x1=middle(thirteen), text=thirteen$name, rot = 30)

比较文件：

out144<-try(read_comparison_from_blast("/Users/location/out144.out"))

绘制：

plot_gene_map(dna_segs=list(twelve,thirteen),comparisons= list(out144),annotations=list(ann_twelve, ann_thirteen), annotation_height=0.8, gene_type="side_blocks",dna_seg_scale=TRUE,scale=FALSE, dna_seg_labels=c("twelve","thirteen"))

我一直在尝试不同的方法来修改绘图代码的分段大小，但是没有成功。

以下是我的绘图数据的样子：

Answer 1

在Biostars上转发。

在plot_gene_map函数中使用参数annotation_cex = 0.5（或更少）。