使用R的分类数据图

Question

我有一个蛋白质名称列表（P1，P2，...，Pn），它们分为三个不同的表达水平高（H），中（M）和低（L）三个实验测量条件（Exp1，Exp2和Exp3）。

我希望制作如图底部所示的图，左边是蛋白质的名称，顶部和高，中，低类别的实验名称用红色，蓝色和绿色表示分别

我是R的新手，我非常感谢任何帮助。

提前致谢

Answer 1

您可以创建一个文件格式为这样的文件（制表符分隔）：

pv   exp  val
1    1    H
2    1    L
3    1    L
4    1    M
1    2    H
2    2    H
3    2    M
4    2    H
1    3    L
2    3    L
3    3    L
4    3    M

使用以下命令抓取并绘制它们：

mat <- read.table(file.choose(),header=T)＃将文件读入内存

attach(mat)＃将标题名称映射到变量名称

plot(pv~exp,col=val)＃将类别相互绘制，并使用val (H,M,L)作为颜色数组。 R将自己将这些值分配给颜色。您还可以使用val数组创建一个颜色数组，以将（H，M，L）转换为（蓝色，红色，绿色）......但是还有其他文档可用于此。

Answer 2

这是一种使用ggplot2和reshape2软件包的神奇功能的方法。

首先，以您描述的格式重新创建数据：

df <- data.frame(
    P    = paste("P", 1:4, sep=""),
    Exp1 = c("L", "H", "L", "M"),
    Exp2 = c("M", "M", "L", "H"),
    Exp3 = c("H", "L", "L", "M"))

接下来，加载附加软件包：

library(reshape2)
library(ggplot2)

然后，使用melt()将您的数据从宽格式转换为高格式。 id变量是“P”，我们告诉函数将“变量”重命名为“Exp”：

mdf <- melt(df, id.vars="P", variable="Exp")

因为L - M - H具有语义顺序，我们使用ordered的{​​{1}}参数来告知R这个顺序：

factor()

最后，我们准备绘制您的数据：

mdf$value <- factor(mdf$value, levels=c("H", "M", "L"), ordered=TRUE)