使用knitr

Question

我想使用knitr格式化R markdown文件，让我们称之为Main.rmd。 Main.rmd中的某些代码依赖于第二个文件中的辅助函数，我们将其称为Functions.rmd。 当我第一次运行Functions.rmd然后运行Main.rmd时，Main.rmd中的代码运行良好。当我第一次运行Functions.rmd然后尝试编织Main.rmd时，我收到一个评估：

  

错误“找不到对象'myfunction'

如何解决此问题而不将Main.rmd和Functions.rmd合并到一个文档中，我想避免这样做？

编辑：我在下面添加了一个玩具示例。到目前为止，关于如何从Functions.rmd调用Main.rmd中的函数，有非常有用的建议，但是它们都需要将Functions.rmd转换为.R文件。但是，就我当前的目的而言，Functions.rmd也可以作为独立的降价文档阅读。

首先，Main.rmd：

---
title: "Main_test"
author: "Matt Nolan"
date: "25/06/2018"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Background.
This is the main body of text and code used to display results of analyses, some of which are created by calling functions in Functions.Rmd.

```{r cars}
myexamplefunction(1,2)
```

还有Functions.rmd：

---
title: "Functions_test"
author: "Matt Nolan"
date: "25/06/2018"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Background
This is a document containing functions used in the document "Main_test". 
Because it contains functions and formatted text to explain the functions for an interested reader, it should be usable as a standalone markdown document.

For example, this is a function that adds two numbers.
```{r cars}
myexamplefunction <- function(a, b) {a + b}
```

Answer 1

2018年6月30日更新：R Markdown不支持组合Rmd文件

Matt的2018年6月25日更新澄清了这个问题，询问如何将一个Rmd文档嵌入到另一个Rmd文档中。根据{{​​3}}网站，R Markdown需要单个 Rmd文件。它当前不支持将一个Rmd文件嵌入另一个Rmd文档中。

R Markdown

也就是说，使用bookdown包，您可以将Rmd文件构造为书中的章节，其中每个Rmd文件都是书中的一章。有关详细信息，请参见 Bookdown：使用R Markdown编写书籍 ，1.4 - Two Rendering Approaches页和Getting Started github存储库，以获取{{1 }}。

2018年6月25日更新：在附录中打印代码

根据OP中的注释，将功能包含在Rmd文件而不是R文件中的原因是为了获取附录中代码的格式化打印输出。我最初发布的技术加上一些更改是可以实现的。

1. 使用命名块将代码放在附录中，并使用参数bookdown和echo=TRUE避免多次执行。
2. 通过eval=FALSE自变量在文档主流程中执行附录中的代码，并使用ref.label=自变量阻止代码在主文档中打印。
3. 除了使用echo=FALSE函数之外，还必须在附录的另一块中打印每个函数，以获得每个函数的格式化打印。

下面列出了示例Rmd文件的更新版本。

source()

...以及文档“附录”部分的输出（为避免发布类编程分配的答案而进行了删节）。

Bookdown Demo

原始答案

如果第二个Rmd文件仅包含函数，则最好将它们另存为R文件，并使用--- title: "TestIncludedFiles" author: "Len Greski" date: "June 24, 2018" output: html_document --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ``` ## Background A question was posted on [Stackoverflow](https://stackoverflow.com/questions/51013924/calling-functions-in-a-second-file-when-compiling-rmd-files-with-knitr) about how to include functions from one Rmd file while knitting another. If the second file contains R functions to be accessed in the second Rmd file, they're best included as R files rather than Rmd. In this example we'll include three files of functions from the Johns Hopkins University *R Programming* course: `pollutantmean()`, `corr()`, and `complete()`. We'll execute them in a subsequent code block. After an update to the original post where the original poster noted that he included the functions in an Rmd file in order to provide a formatted printout of the code in the report as an appendix, I've modified this example to account for this additional requirement. ```{r ref.label="sourceCode",echo=FALSE} # execute sourceCode chunk from appendix ``` ## Executing the sourced files Now that the required R functions have been sourced, we'll execute them. ```{r runCode, echo=TRUE} pollutantmean("specdata","nitrate",70:72) complete("specdata",1:10) corr("specdata",threshold=500) ``` # Appendix ```{r sourceCode,echo=FALSE,eval=FALSE} # use source() function to source the functions we want to execute source("./rprogramming/oneLine_pollutantmean.r") source("./rprogramming/oneLine_complete.r") source("./rprogramming/oneLine_corr.r") ``` The following is an inventory of the functions used in this Rmd file. ```{r } pollutantmean complete corr ``` 将它们包括在source()中。例如：

Main.Rmd

...产生以下输出：

披露：：此答案包括我以前在2016年作为博客文章发布的技术。