Question

我正在尝试使我的代码更加模块化：在一个脚本中加载和清理数据，在另一个脚本中进行分析，等等。如果我使用的是R脚本，那么在source上调用data_setup.R就可以了。在analysis.R内{1}}，但我想记录我在Rmarkdown文档中为数据设置和分析做出的决定。所以我正在尝试编写某种source_rmd函数，这样我就可以将代码从data_setup.Rmd提取到analysis.Rmd。

到目前为止我尝试了什么：

如果存在任何重复的块名称，则How to source R Markdown file like `source('myfile.r')`?的答案不起作用（因为名为setup的块在Rstudio的笔记本处理中具有特殊行为，因此存在问题）。 How to combine two RMarkdown (.Rmd) files into a single output?想要整合整个文档，而不仅仅是一个代码，还需要唯一的块名称。我已尝试按照Generate Dynamic R Markdown Blocks中的建议使用knit_expand，但我必须使用双花括号中的变量命名块，我真的想要一种方法让我的colaborators使用它变得容易同样。使用How to nest knit calls to fix duplicate chunk label errors?中建议的knit_child仍然会给我带来重复的标签错误。

Answer 1

进一步搜索后，我找到了解决方案。 knitr中有一个包选项，可以设置为更改处理重复块的行为，在标签后附加一个数字而不是出错。请参阅https://github.com/yihui/knitr/issues/957。

要设置此选项，请使用options(knitr.duplicate.label = 'allow')。

为了完整起见，我编写的函数的完整代码是

source_rmd <- function(file, local = FALSE, ...){
  options(knitr.duplicate.label = 'allow')

  tempR <- tempfile(tmpdir = ".", fileext = ".R")
  on.exit(unlink(tempR))
  knitr::purl(file, output=tempR, quiet = TRUE)

  envir <- globalenv()
  source(tempR, local = envir, ...)
}

来自另一个Rmd中的Rmd文件的源代码

到目前为止我尝试了什么：

1 个答案: