Question

我的问题是如何对2型Anova（混合效应模型）进行事后分析？到目前为止，我正在使用“ lme4”软件包中的glmer()，“ car”软件包中的Anova()，并尝试通过“ agricolae”软件包运行HSD测试。

搜索一段时间后，这是我能找到的最好的情况，但是，这样做时我收到一条错误消息。有谁知道如何解决这个问题或我做错了什么？还是采用其他方式？

library(lme4)
totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
library(car)
totaldiv.anova = Anova(totaldiversity.model, type = "II")
library(agricolae)
totaldiv.tukey = HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)

出现错误消息：Error in HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group = TRUE, console = TRUE, : argument "MSerror" is missing, with no default

提前谢谢！

Answer 1

我点击了Ben Bolker（Post-hoc test for glmer）发布的链接，该链接使我在multcomp软件包中使用了glht()函数。这是针对glmer()混合效果模型（类型为2 Anova）的多重比较分析（Tukey）的解决方案。需要“ multcomp”，“ lme4”和“ car”软件包。

totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
summary(totaldiversity.model)
Anova(totaldiversity.model, type = "II")
summary(glht(totaldiversity.model, mcp(focalspecies="Tukey")))

谢谢大家！

Answer 2

在HSD.test的文档中，y是“模型（aov或lm）或实验单位的答案”。这很可能意味着您应该将其发送给totaldiversity.model：

HSD.test(totaldiversity.model, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)

寻找2型Anova的事后分析（混合效果模型）

2 个答案: