R中的Post hoc tukey

时间:2015-07-06 09:14:07

标签: r anova posthoc

我对92种蛋白质进行了方差分析,以使用

同时测试各组之间的差异
x <- data.frame(p.value=sapply(df[,2:93], function(i) summary(aov(i ~ df$X.Alcohol))[[1]][["Pr(>F)"]][[1]]))
pAlcohol<-x[x$p.value < 0.05/92,,drop=F]

获得各组之间显着不同的蛋白质。我现在想做一个事后测试,以了解各组的不同之处。这有效:

y <- data.frame(post=sapply(df[,2:93], function(i) TukeyHSD((aov(i ~ df$X.Alcohol)),  ordered = TRUE)))

但它适用于所有蛋白质,而不仅仅是那些重要的蛋白质。我希望它只对pAlcohol中的蛋白质进行测试。

此外,当它对所有92种蛋白质进行事后检验时,它将它们列在三行(我有3组)。每种蛋白质都可以有3个新行吗?

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