Question

我正在尝试实施该软件包：

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

它看起来非常简单，但他们希望 .nrrd 文件。我的文件是 .nii.gz。我该如何解决这个问题？还有，有人试图在TCIA数据上应用PyRadiomics吗？如果是这样，我可以看到你的github或Jupyter笔记本吗？

非常感谢。

Answer 1

尽管示例位于.nrrd中，但PyRadiomics使用SimpleITK进行图像操作。这样，PyRadiomics就可以支持整个图像格式，包括.nii.gz。您不必转换它们。

Answer 2

DWIConverter [1]将DICOM系列中的扩散加权MR图像[2]转换为nrrd格式，以便在Slicer中进行分析。它解析DICOM标头，以提取有关测量帧，扩散加权方向，b值等的必要信息，并写出nrrd图像。对于非扩散加权的DICOM图像，它将加载整个DICOM系列，并以.nhdr/.raw对的形式写出一个DICOM卷。

因此，使用此工具可以尝试将{strong> .nii.gz 转换为nrrd格式的DICOM文件。另外，您可以查看SlicerDMRI [3]，它是一个类似的模块。

[1] Janson，Andrew P.和Christopher R. Butson。 “使用交互式，针对特定患者的模型，针对神经纤维束进行深层脑刺激治疗。”可视化实验杂志：JoVE 138（2018）。

[2] Ordidge，Roger J.等人。 “使用导航仪回波校正扩散加权MR图像中的运动伪像。”磁共振成像12.3（1994）：455-460。

[3]以赛亚·诺顿（Isaiah Norton），瓦利德·伊本·赛义德（Walid Ibn Essayed），范Zhang，索尼娅·普约尔，亚历克斯·亚马尔科维奇，亚历山德拉·J·戈尔比，戈登·金德尔曼，德米安·瓦瑟曼，劳尔·圣何塞·埃斯特帕格，约格什·拉西，史蒂夫·皮耶珀，罗恩·基基尼斯，汉斯·J。约翰逊，卡尔·弗雷德里克·威斯汀和劳伦·奥唐纳。 SlicerDMRI：用于脑癌研究的开源扩散MRI软件。癌症研究77（21），e101-e103，2017。

Answer 3

您可以先将NII转换为numpy数组，然后使用以下命令将其转换为NRRD：

nrrd和nibabel

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd

# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)

# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)

# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)

医学成像（PyRadiomics）与.nii.gz文件

3 个答案: