使用pyrodiomics掩膜校正后，ROI的边界框大于图像空间

Question

我一直在尝试对以下image和分段的output进行pyradiomics特征提取。 当我运行命令

pyradiomics Brats18_CBICA_AAM_1_t1ce_corrected.nii.gz Brats18_CBICA_AAM_1.nii.gz --setting "correctMask:True"。

我收到以下错误消息。

Image/Mask geometry mismatch, attempting to correct Mask Bounding box of ROI is larger than image space: ROI bounds (image coordinate space) ((-86.5, 85.5, 80.5), (-114.5, 46.5, 121.5)) Image Size (240, 240, 155) Image/Mask correction failed, ROI invalid (not found or outside of physical image bounds) Case-1_Image: /home/sid/Documents/pyradiomics-master/bin/Brats18_CBICA_AAM_1/Brats18_CBICA_AAM_1_t1ce_corrected.nii.gz Case-1_Mask: /home/sid/Documents/pyradiomics-master/bin/Brats18_CBICA_AAM_1/Brats18_CBICA_AAM_1.nii.gz

我尝试了使用其他选项的正确遮罩以及将公差设置为较高，但是似乎没有任何效果。我已经正确地可视化了它们，而CaPTK工具没有任何问题。遮罩校正或遮罩重采样有问题吗？

Answer 1

两个图像不在同一物理空间中。如果将它们比较为两个三维数组，则分割结果的确是正确的。但是在医学图像中，必须在进行进一步处理之前始终将它们转换为信息全局空间（例如，如果同一平面上有100x100pix PET图像和256x256 CT图像，则应考虑分辨率）。我建议在3D Slicer documentation中对此问题进行简短说明。

无论如何，图像的标题如下：

  

天才：

图片来源(0, 239, 0)

间距(1, 1, 1)

轴方向

(1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1)

  

分段结果：

图片来源(0, 0, 0)

间距(1, 1, 1)

轴方向

(-1, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 1)

（这意味着x和y都被镜像了）

因此，您应该沿X和Y翻转分割的图像，然后将其转换为矢量（0，239，0）。不幸的是，我对双体神经系统学并不熟悉，但是每个图像处理工具都应对此进行处理。

Answer 2

这确实是错误的原因。我不知道CapTK是否考虑方向，间距和原点，但是PyRadiomics确实考虑。这允许您使用由不同源图像制作的遮罩（例如，使用在DWI图像上制作的遮罩从T2W图像中提取特征）。为了防止意外错误，需要使用正确的遮罩。

无论如何，无论何时必须进行校正，PyRadiomics都会检查蒙版的边界框是否包含在图像定义的物理空间内。在您的情况下，方向和y会翻转，这会导致蒙版完全位于x域中的图像空间之外（由于原点为239，因此y可能很好）。重采样只会产生一个空的掩码。