Question

我有一组fMRI图像。一组的维数为90 x 60 x 12 x 350，体素尺寸为1 x 1 x 1 mm（350体积）。另一组的维数为80 x 35 x 12 x 350，体素尺寸为0.2 x 0.2 x 0.5 mm。我正在使用其中一个图像作为参考图像进行注册。由于分辨率的差异，注册失败（有调情）。所以我必须先进行下采样或上采样。我尝试了以下方法：

调情-in input_image \ -ref good_size_image \ -out output_image \ -applyxfm \ -init /usr/share/fsl/5.0/etc/flirtsch/ident.mat

这不起作用，不适用于下采样，也不适用于上采样。

我该如何正确地进行下采样/上采样？

Answer 1

如果我理解正确，那么您的图像的空间范围为(a) 9 x 6 x 1.2 cm ^ 3和(b) 1.6 x 0.7 x 0.6 cm ^ 3？这些都非常小而且完全不同。我可以想象，如果图像2覆盖了图像1的一个非常特定的子区域（因为它要小得多），您可能需要给出一个良好的起始估计来获得正确的结果。

如果input_image的尺寸为(b)且good_size_image的尺寸为(a)，则调用

flirt -in input_image 
      -ref good_size_image 
      -out output_image 
      -applyxfm

（在这种情况下，init选项并非绝对必要），

您的输出将是显示更大体素中更小空间的图像。我假设输出图像具有参考图像的大小（这是参考图像的想法），但大部分都是空的。切换(a)和(b)没有意义，因为参考图像的空间只能覆盖输入的一小部分。您需要先注册。

您可能希望尝试将applyisoxfm选项重新采样为给定大小的立方体素。

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

将覆盖空间（b）的图像重新采样为1x1x1 mm ^ 3。同样，对于如此小的空间，这可能是粗略的分辨率。也许可以将两个图像重新采样到0.5 mm各向同性，然后注册？

对于这些问题，FSL mailing list要好得多寻求帮助的地方。

Answer 2

您是否尝试使用fslmaths -subsamp2命令？

使用FSL对fMRI图像进行下采样

2 个答案: