Question

对不起，如果这是一个天真的问题，但我仍然试图围绕Snakemake的复杂问题。

我有一个包含许多文件的目录，我想并行应用规则（即我想向集群提交相同的脚本，为每个提交指定不同的输入文件）。

我首先尝试使用expand作为输入文件，但这只会导致一个作业提交：

CHROMS = [str(c) for c in range(1, 23)] + ["X"]
rule vep:
    input:
        expand("data/split/chr{chrom}.vcf", 
               chrom=CHROMS)
    output:
        expand("data/vep/split/chr{chrom}.ann.vcf",
               chrom=CHROMS)
    shell:
        "vep "
        "{input} "
        "{output}"

这里有替代方法吗？

谢谢！

Answer 1

目前，您的工作流程确实包含应用＆＃34; vep＆＃34;规则只执行一次，它以所有输入和输出作为参数执行ccze。我不知道vep是如何运作的，但它可能会失败或者没有达到预期的效果。

您可能应该编写规则的输入和输出而不进行扩展，并使用＆＃34; all＆＃34;来驱动它。规则，进行扩展：

vep

生成＆＃34; all＆＃34;的所需输入规则，snakemake将确定需要应用＆＃34; vep＆＃34;的次数和方式（即CHROMS = [str(c) for c in range(1, 23)] + ["X"] rule all: input: expand("data/vep/split/chr{chrom}.ann.vcf", chrom=CHROMS) rule vep: input: "data/split/chr{chrom}.vcf" output: "data/vep/split/chr{chrom}.ann.vcf" shell: "vep " "{input} " "{output}"通配符的值是多少）。规则。

一定要把＆＃34;全部＆＃34;所有其他规则之前的规则。

并行化蛇形规则

1 个答案: