如何使用Biomart提取Ciona intestinalis的繁殖模式

时间:2018-06-06 15:51:17

标签: r bioinformatics biomart

通过使用Biomart,我已经能够为一些物种提取基因列表的prosite模式。

e.g。对于人类来说,为了提取foxa3基因的prosite模式,我会使用代码:

library(biomaRt)
ensembl[["hsapiens"]] <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl")

ensembl <- list()

prosite_foxa3_hsapiens <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                      "scanprosite_start", 
                                      "ensembl_transcript_id", 
                                      "transcript_biotype"),
                       filters = "external_gene_name",
                       values = "foxa3" , 
                       mart = ensembl[["hsapiens"]])

我希望能够简单地将市场改为适合Ciona intestinalis的市场并使用相同的属性,例如

library(biomaRt)

ensembl[["cintestinalis"]] <- useMart("ensembl", "cintestinalis_gene_ensembl")


prosite_foxa-a_cintestinalis <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                      "scanprosite_start", 
                                      "ensembl_transcript_id", 
                                      "transcript_biotype"),
                       filters = "external_gene_name",
                       values = "foxa-a" , 
                       mart = ensembl[["cintestinalis"]])

不幸的是,没有一个“热门模式开始”&#39;&#39;&#39;将listAttributes(ensembl[["cintestinalis"]])用于Ciona intestinalis时的属性即使可以在Ensembl网站上找到。

我想知道是否有可能解决这个问题?

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