通过使用Biomart,我已经能够为一些物种提取基因列表的prosite模式。
e.g。对于人类来说,为了提取foxa3基因的prosite模式,我会使用代码:
library(biomaRt)
ensembl[["hsapiens"]] <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl")
ensembl <- list()
prosite_foxa3_hsapiens <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id",
"scanprosite_start",
"ensembl_transcript_id",
"transcript_biotype"),
filters = "external_gene_name",
values = "foxa3" ,
mart = ensembl[["hsapiens"]])
我希望能够简单地将市场改为适合Ciona intestinalis的市场并使用相同的属性,例如
library(biomaRt)
ensembl[["cintestinalis"]] <- useMart("ensembl", "cintestinalis_gene_ensembl")
prosite_foxa-a_cintestinalis <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id",
"scanprosite_start",
"ensembl_transcript_id",
"transcript_biotype"),
filters = "external_gene_name",
values = "foxa-a" ,
mart = ensembl[["cintestinalis"]])
不幸的是,没有一个“热门模式开始”&#39;&#39;&#39;将listAttributes(ensembl[["cintestinalis"]])
用于Ciona intestinalis时的属性即使可以在Ensembl网站上找到。
我想知道是否有可能解决这个问题?