Log的Snakemake问题

时间:2018-05-18 20:08:25

标签: python snakemake

我试图在我的Snakefile中写一个Log param,但我不知道我错过了什么。这是我的代码:

include:
    'config.py'

rule all:
    input:
        expand(WORK_DIR +"/trimmed/TFB{sample}_R{read_no}.fastq.gz.good",
        sample=SAMPLE_TFB ,read_no=['1', '2'])
rule fastp:
    input:
        R1= SAMPLES_DIR + "/TFB{sample}_R1.fastq.gz",
        R2= SAMPLES_DIR + "/TFB{sample}_R2.fastq.gz"
    output:
        R1out= WORK_DIR + "/trimmed/TFB{sample}_R1.fastq.gz.good",
        R2out= WORK_DIR + "/trimmed/TFB{sample}_R2.fastq.gz.good"
    log:
        log = WORK_DIR + "/logs/fastp/{sample}.html"
    shell:
        "fastp -i {input.R1} -I {input.R2} -o {output.R1out} -O {output.R2out} \
        -h {log.log}"

这是我在执行snakemake后得到的错误。

SyntaxError in line 16 of /work/users/leboralli/trofoZikaLincRNAs/scripts/Snakefile:
Colon expected after keyword log. (Snakefile, line 16)

我尝试了很多选项但没有任何效果。

这个软件fastp有一个用于记录的参数:-h,输出.html。没有日志我的代码工作正常。

提前致谢。

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