我试图在我的Snakefile中写一个Log param,但我不知道我错过了什么。这是我的代码:
include:
'config.py'
rule all:
input:
expand(WORK_DIR +"/trimmed/TFB{sample}_R{read_no}.fastq.gz.good",
sample=SAMPLE_TFB ,read_no=['1', '2'])
rule fastp:
input:
R1= SAMPLES_DIR + "/TFB{sample}_R1.fastq.gz",
R2= SAMPLES_DIR + "/TFB{sample}_R2.fastq.gz"
output:
R1out= WORK_DIR + "/trimmed/TFB{sample}_R1.fastq.gz.good",
R2out= WORK_DIR + "/trimmed/TFB{sample}_R2.fastq.gz.good"
log:
log = WORK_DIR + "/logs/fastp/{sample}.html"
shell:
"fastp -i {input.R1} -I {input.R2} -o {output.R1out} -O {output.R2out} \
-h {log.log}"
这是我在执行snakemake后得到的错误。
SyntaxError in line 16 of /work/users/leboralli/trofoZikaLincRNAs/scripts/Snakefile:
Colon expected after keyword log. (Snakefile, line 16)
我尝试了很多选项但没有任何效果。
这个软件fastp有一个用于记录的参数:-h
,输出.html
。没有日志我的代码工作正常。
提前致谢。