Question

我想将每个snakemake作业执行的shell命令保存到日志文件中。

使用--printshellcmds我可以在提交时打印到stdout shell命令，但我想将它们保存到单个文件中。例如，这个脚本：

samples= ['a', 'b', 'c']

rule all:
    input:
        expand('{sample}.done', sample= samples),

rule do_stuff:
    output:
        '{sample}.done'
    shell:
        """
        echo {wildcards.sample} > {output}
        """

将执行3个作业：

echo a > a.done
echo c > c.done
echo b > b.done

我想将其中的每一个保存到以通配符（或其他）命名的单独文件中。像：

rule do_stuff:
    output:
        '{sample}.done'
    log_shell:               < save shell command
        '{sample}.cmd.log'   <
    shell:
        """
        echo {wildcards.sample} > {output}
        """

这可能吗？谢谢！

Answer 1

在摆弄其他issues时，我想出了这个解决方案。将run指令与shell函数组合，首先将命令写入文件，然后执行命令本身。例如：

rule do_stuff:
    output:
        '{sample}.done'
    log:
        cmd= 'my/logs/{sample}.log'
    run:
        cmd= """
        echo hello > {output}
        """

        shell("sort --version > {log.cmd} || true") # Log version
        shell("cat <<'EOF' >> {log.cmd}" + cmd)     # Log command

        shell(cmd) # Exec command

对于每个{sample}，您会收到一个如下所示的文件my/logs/{sample}.log：

sort (GNU coreutils) 5.93
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

echo hello > a.done

这就是诀窍。但是，它会使代码更加混乱，并且您实际上会丢失--printshellcmds选项。

从snakemake记录执行的shell命令

1 个答案: