Question

knitr，pandoc和R Studio的组合非常适合以.Rmd格式撰写学术论文，但现在我的文章已被接受，我对如何准备.zip文件感到困惑包含期刊所需的所有LaTeX来源。我给出的指示是：</ p>

 INSTRUCTIONS FOR AUTHORS
 WE ASK THAT YOU UPLOAD YOUR SOURCE FILES AT THIS TIME.
 Please upload the following:
 • A PDF of your final paper
 • The TeX or Word file containing your final paper
 • All figure files as separate files
 • Any additional files needed to compile your article. For example, .bbl and .bib files if you used BiBTeX (and we hope you did!), and any special macros
 • Any files to be posted as online supplementary material

当我直接在LaTeX中编写时，我有一个工作流程，基本上创建Makefile来创建来自article.zip的{{1}}以及当我键入{{1}时所有其他依赖项在文章目录中。

它使用perl脚本article.{tex,aux,log} https://ctan.org/pkg/texdepend?lang=en来查找来自make zip的所有依赖项（图形，样式文件......）并写入可以使用的行在texdepend。
我还使用perl脚本article.{tex,aux,log}，http://ctan.mirror.rafal.ca/biblio/bibtex/utils/bibtools/aux2bib或Makefile，http://www.gerd-neugebauer.de/software/TeX/BibTool/en/为多个文章生成aux2bib个文件本地bibtool文件，如.bib文件中所示。

此工作流程不适用于.bib和.aux生成的PDF文件。

所有内容都在一个PDF文件中生成。我可以通过在YAML标头中添加knitr来获取pandoc文件，但不会生成.tex或keep_tex: yes。因此，我无法使用任何标准工具来查找依赖项，尤其是与article.aux一起使用的图形文件。
参考书目参考由article.log \includegraphics{}文件中的pandoc内联，但它们的格式似乎使得期刊难以在其中生成文章特殊格式。它不使用article.tex，而是直接格式化引用，例如，

\ hypertarget {ref-Van_Aelst：2011} {} Aelst，S。V.，\＆amp;威廉姆斯（2011年）。强大而高效的单向MANOVA测试。 \ emph {期刊美国统计协会}，\ emph {106}（494），706--718。 \ URL {http://doi.org/10.1198/jasa.2011.tm09748}

修改我应该补充一点，我需要使用\bibitem或aux2bib的原因是我的引用是从各种bibtool文件中提取的：

.bib

Answer 1

如果您使用

制作article.Rmd

output: 
  pdf_document:
    citation_package: natbib
    keep_tex: true
bibliography: 
  - "../localtexmf/bibtex/bib/statistics"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/graphics"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages"

你应该得到你想要的东西，LaTeX留在article.tex，而数字留在子目录article_files的某个地方。你会得到像

这样的一行

\bibliography{../localtexmf/bibtex/bib/statistics,../localtexmf/bibtex/bib/graphics,../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages}

<{1>}文件中的

;如果您需要通常的LaTeX / BibTeX方式，您应该能够生成自己的aux和bbl文件。

编辑添加：而不是

article.tex

你可以使用

    citation_package: natbib

这是一套更新，更灵活的LaTeX软件包，用于处理引用和引用。有关讨论和比较，请参阅https://tex.stackexchange.com/questions/25701/bibtex-vs-biber-and-biblatex-vs-natbib。我想提一下，因为如果您选择使用citation_package: biblatex，那么您需要在参考书目文件中保留biblatex扩展名。如果您从.bib切换到natbib，则需要删除biblatex生成的.bbl文件，让natbib生成自己的文件不同的格式。

knitr，pandoc：如何从Rmd文件准备期刊TeX提交ZIP文件？

1 个答案: