如何将两个RMarkdown（.Rmd）文件合并为一个输出？

Question

我在同一个文件夹中有两个文件：chapter1.Rmd和chapter2.Rmd，其中包含以下内容：

chapter1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

chapter2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

我如何编织这些以便它们组合成单个pdf输出？

当然，render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")效果很好但render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")没有。

为什么我要这样做？将giant document分解为逻辑文件。

我已经使用了@hadley的bookdown包从.Rmd构建了乳胶，但这对于这个特殊的任务来说似乎有些过分。有没有使用knitr / pandoc / linux命令行的简单解决方案我不见了？感谢。

Answer 1

  

2018年8月更新：这个答案是在 bookdown 出现之前编写的，这是一种编写基于Rmarkdown的书籍的更强大的方法。查看@ Mikey-Harper answer中的最小 bookdown 示例！

当我想将一个大型报告分成单独的Rmd时，我通常会创建一个父Rmd并将这些章节作为子项包含在内。这种方法很容易让新用户理解，如果你包含一个目录（toc），很容易在章节之间导航。

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

chapter1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

<强> chapter2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

<强>构建

rmarkdown::render('report.Rmd')

哪个产生：

如果您想快速创建子文档的块：

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Answer 2

我建议人们使用 bookdown 包从多个R Markdown文件创建报告。它添加了很多有用的功能，例如交叉引用，这对于较长的文档非常有用。

适应 @Eric 中的示例，这是 bookdown 设置的最小示例。主要细节是主文件必须称为index.Rmd，并且必须包括附加的YAML行site: bookdown::bookdown_site：

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd ：

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd ：

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

如果我们编织index.Rmd bookdown ，将按字母顺序合并同一目录中的所有文件（可以使用额外的_bookdown.yml文件来更改此行为）。 / p>

一旦您熟悉了此基本设置，就可以使用其他配置文件（即_bookdown.yml和_output.yml

轻松定制书本文档和输出格式）

  

进一步阅读

     

  
• R Markdown: The definitive Guide：第11章对书本进行了很好的概述
  
• Authoring books with bookdown提供了有关书本的全面指南，建议使用更高级的细节。
  

Answer 3

这对我有用：

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

想象一下，有一个更好的解决方案，并且很高兴在rmarkdown或knitr包中有这样的东西。