Question

我最近发现了很棒的ggpubr包。当我处理多个组时，我喜欢在facet（facet.by）中分割我的数据。

我的问题由两个与同一图表相关的子问题组成。我想

为每个组添加唯一的平均水平线和
仅按小组绘制重要比较

我的目标是显示箱线图以及它们的对比较显着性值。由于组的重要性可能不同，我只能绘制重要的组，或指定重要的比较，并按组分别绘制它们。

示例数据：

library(ggpubr)
library(ggplot2)  

# Create data
# :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth

# Create basic plot
p <- ggboxplot(df, 
               x = "dose", 
               y = "len",
               color = "dose", 
               palette =c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
               add = "jitter",
               facet.by = "supp", # define faceting 
               shape = "dose")

# Add horizontal line per each group???
p + geom_hline(yintercept = mean(df$len), #aggregate(len ~ supp, df, mean)$len, # mean(df$len), 
               linetype = 2,
               group = "supp")

导致

。

我尝试计算每组的均值（#aggregate(len ~ supp, df, mean)$len），但它只添加了两行。

要指定配对的箱图以显示重要性结果，我可以添加

my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )

显着性结果依赖于群体。然而，我想只展示重要的比较。如何为每个组仅指定重要对？类似的东西：

my_comp_OJ <- list( c("0.5", "1"), c("0.5", "2"))
my_comp_VC <- list(  c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2"))

应用hide.ns = TRUE仅隐藏ns，但保持对的行指示。

p +  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,
                        label = "p.signif",
                        hide.ns = TRUE) +   # Add pairwise comparisons p-value 
    stat_compare_means(label.y = 50)        # Add global p-value

Answer 1

您必须计算每个组的平均值，并且有一个data.frame表示哪个组来自哪个组。

> aggregate(len ~ supp, data = df, FUN = mean)
  supp      len
1   OJ 20.66333
2   VC 16.96333

在geom_hline中包含此内容很简单。

grand.means <- aggregate(len ~ supp, data = df, FUN = mean)
ggboxplot(df, 
          x = "dose", 
          y = "len",
          color = "dose", 
          palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
          add = "jitter",
          facet.by = "supp", # define faceting 
          shape = "dose") +
  geom_hline(data = grand.means, aes(yintercept = len),
             linetype = 2,
             group = "supp")

请注意，在data通话中我有一个len参数，我yintercept到aes。这使得ggplot意识到它正确地将aes变量应用于相应的组，无论您如何应用它们。

至于调整后的显着性条，我认为没有一个现成的答案，因为ggpubr调用ggsignif确实有一个manual参数，但前者没有实现它，至少在我浏览源代码时可以看到。我认为这条线很好，因为它显示了一个比较，即使它不重要。

R ggpubr：添加平均水平线＆amp;按组对比？

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