在R

Question

我正在使用ggpubr库中的ggscatter函数绘制散点图。 我的数据框看起来像这样

1   a   b   chr17   +   0.003   0.005   0,2 282232  4,0 253259  non_sig
10  a   b   chr22   -   0.733   0.6855  16,17   3,3 24,45   11,4    non_sig
12  a   b   chr13   +   0.7625  0.7965  22,14   1,7 7,18    1,4 non_sig
14  a   b   chr13   +   0.4555  0.369   20,16   19,12   4,23    17,11   non_sig
15  a   b   chr13   +   0.488   0.384   27,15   19,12   7,18    17,11   non_sig
16  a   b   chr16   -   0.9715  0.978   200141  3,2 260280  3,3 non_sig
21  a   b   chr1    +   0.9365  0.933   149118  1,12    133175  11,5    non_sig
22  a   b   chrX    +   0.6475  0.7265  129,57  58,35   104,78  37,29   non_sig
26  a   b   chr3    +   0.05    0.0475  54,32   721503  46,27   519617  non_sig
27  a   b   chr3    +   0.0475  0.045   57,34   721503  47,30   519617  non_sig

这是我正在使用的命令

library("ggpubr")
df <- read.table("test.txt",header =F,sep="\t")
ggscatter(df,x= "V6",y= "V7",color = "V12", shape = 21, size = 1,add = "reg.line",cor.coef = TRUE, cor.method = "pearson",conf.int = TRUE,title="A3SS(4561)",xlab="Ψ2",ylab = "Ψ1",
                  palette = c("black", "red"))

我想使用第12列为点着色，该列以 non_sig 或 sig 作为值，并以此为基础non_sig，我希望它是black，如果我希望它是sig

当我使用上面的代码时，它可以满足我的要求，但是我该如何在此处专门为

编写代码？

red

感谢您的帮助！

Answer 1

我假设通过“使用第12列为点着色” ，您的意思是用基于apple列的颜色填充点。

请注意，您的示例数据仅包含V12个条目，因此我已将一个条目手动更改为V12 = "non_sig"

"sig"

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样本数据

library(ggpubr)
ggscatter(
    df,
    x= "V6", y= "V7",
    fill = "V12",
    shape = 21,
    size = 5,
    add = "reg.line",
    cor.coef = TRUE,
    cor.method = "pearson",
    conf.int = TRUE,
    title="A3SS(4561)",
    xlab="Ψ2",
    ylab = "Ψ1",
    palette = c("black", "red"))

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更新

为回应您的评论，您可以为df <- read.table(text = "1 a b chr17 + 0.003 0.005 0,2 282232 4,0 253259 non_sig 10 a b chr22 - 0.733 0.6855 16,17 3,3 24,45 11,4 non_sig 12 a b chr13 + 0.7625 0.7965 22,14 1,7 7,18 1,4 non_sig 14 a b chr13 + 0.4555 0.369 20,16 19,12 4,23 17,11 non_sig 15 a b chr13 + 0.488 0.384 27,15 19,12 7,18 17,11 sig 16 a b chr16 - 0.9715 0.978 200141 3,2 260280 3,3 non_sig 21 a b chr1 + 0.9365 0.933 149118 1,12 133175 11,5 non_sig 22 a b chrX + 0.6475 0.7265 129,57 58,35 104,78 37,29 non_sig 26 a b chr3 + 0.05 0.0475 54,32 721503 46,27 519617 non_sig 27 a b chr3 + 0.0475 0.045 57,34 721503 47,30 519617 non_sig", header = F) 参数使用命名向量；例如

palette

Answer 2

假设第12列中的变量是因子，则它们的默认顺序为字母顺序。因此，在您的示例中，第一个调色板颜色（“黑色”）达到了第一个因子级别（“ non_sig”）；第二种颜色（“红色”）用于第二个因素（“ sig”）。

如果要分配不同的颜色，则需要重新排列因子级别或调色板中的颜色名称。例如，要将“黑色”，“红色”和“绿色”分配给因子“ sig”，“ non_sig”和“ new_var”，您可以执行以下操作：

df$V12 <- factor(df$V12, levels = c("sig", "non_sig", "new_var"))

然后在情节中：

palette = c("black", "red", "green")