在3D图像上填充孔

Question

我有一张大小为301,512,512的图像，这是一张二进制蒙版图像。

一个值集中在贴片附近，但路径内部有一些洞。我想用值1来填充它们。

我试过了

img_fill_holes = scipy.ndimage.binary_fill_holes(array_to_be_filled[:,:,:]).astype(int)

和

import SimpleITK as sitk 
filledImage = sitk.BinaryFillhole(array_to_be_filled)

但这两种方法都没有提供所需的输出， 任何可以帮助我的建议都会很棒。 提前谢谢。

Answer 1

BinaryFillHoles可能不起作用，因为您的＆＃34;漏洞＆＃34;拓扑不是洞。他们可能很瘦＆＃34;管＆＃34;一直延伸到＆＃34;外面＆＃34;物体的，因此在拓扑上不是孔。但是，在查看单个切片时，它们通常会显示为漏洞。

您可以尝试的是ITK或SimpleITK中的BinaryMorphologicalClosing。只需确保SetRadius()的值大于您最大的＆＃34;洞＆＃34;。