Question

我知道使用install packages或类似内容，即使在condas中，通常也更容易安装r包。但我也知道我通常可以使用例如

构建我自己的包

conda skeleton cran tensorA
conda build r-tensorA
conda install --use-local r-tensorA

但如果这个包裹在bioconda，那么rathaer比cran还要怎么样呢？例如DECIPHER可以通过running

安装在R中

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DECIPHER")

主要用于学习目的，我想尝试将DECIPHER（和其他bioconductor包）构建到condas包中。有人能指出我做这样的事情的好方向吗？或者，如果你真的感觉很棒，那么我们会采取一些措施吗？

Answer 1

确定。以下是我设法解决这个问题的方法：

我使用来自另一个r-build的conda骨架文件作为模板。事实证明，对于bioconductor包here's an example，在 Source Repository 标题下有一个指向git存储库的链接。

我发现以下指南很有用here。

我最终制作了一个看起来像这样的meta.yaml文件

#!/bin/bash

if [[ $target_platform =~ linux.* ]] || [[ $target_platform == win-32 ]] || [[ $target_platform == win-64 ]] || [[ $target_platform

我还制作了一个类似于以下内容的build.sh文件：

bld.bat
== osx-64]];然后 export DISABLE_AUTOBREW = 1 mv描述DESCRIPTION.old grep -v'^优先级：'DESCRIPTION.old＆gt;描述 $ R CMD安装 - 建造。其他 mkdir -p $ PREFIX / lib / R / library / decipher mv * $ PREFIX / lib / R / library / decipher 网络

"%R%" CMD INSTALL --build . IF %ERRORLEVEL% NEQ 0 exit 1看起来如下

conda build

所有这些都进入了一个名为r-decipher的源目录。

从那个目录之外的目录运行conda install r-decipher，这有用（我可能不得不安装一些依赖项，但它在命令行上抱怨它们，并且每个都在CRAN中至少可用）然后跑了QT_FILESYSTEMMODEL_WATCH_FILES。

如果有人想使用我特定版本的r-decipher，现在可以在https://anaconda.org/cramjaco/r-decipher

找到它

使用conda骨架构建r bioconductor包

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