尝试在R中使用GOFunction软件包进行GO分析

时间:2019-06-06 18:30:11

标签: r bioconductor

我正在尝试使用GOFunction执行GO分析。但是,我是R的新手,所以我使用了它们提供的示例。我已将包装更改为正确的有机体,但不确定“ data(exampledata)”的位置是什么。另外,当我运行该函数时,它会给出Error in xj[i, , drop = FALSE

使用GOFunction进行基因本体分析

library("GOFunction")
data(exampledata)
sigTerm <- GOFunction(interestGenes, refGenes, organism="org.EcK12.eg.db",ontology="BP", fdrmethod="BY", fdrth=0.05, ppth=0.05,poth=0.05, peth=0.05, bmpSize=2000, filename="sigTerm") 

正在查找具有统计意义的字词...

Error in xj[i, , drop = FALSE] : subscript out of bounds

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