我正在尝试将一系列MRI DICOM图像（.dcm）转换为.nnrd格式。我在3D切片器中找到了this guide，我设法做到了。问题是创建的新nrrd图像丢失了原始DICOM图像的像素间距。
在其他设置中，在转换图像时，我也取消了“压缩”框，但问题仍然存在。例如，检查Imagej中的两个图像（原始.dcm和新的.nrrd）我得到了这个：
任何人都知道如何解决这个问题？任何其他替代方案（保留像素间距）都被广泛接受。
提前多多感谢， 托马索
答案 0 :(得分：1)
您的DICOM文件已损坏。缺少一些强制性标签（例如，20,37，图像方向（患者））。因此切片机无法正确计算间距。它甚至可以在＆＃34; Dicom Browser＆＃34;窗口以下警告（单击“检查”按钮后）：＆＃34;系列参考图像不包含几何信息。请谨慎使用＆＃34;。
如果无法修复原始图像，则可以手动应用所有必需的间距元素。在导出之前在切片器中执行此操作（模块卷 - >卷信息），或者您可以自行修复nrrd文件。在您喜欢的文本编辑器中打开它们：
NRRD0004
# Complete NRRD file format specification at:
# http://teem.sourceforge.net/nrrd/format.html
type: short
dimension: 3
space: left-posterior-superior
sizes: 512 512 1
space directions: (1,0,0) (0,1,0) (0,0,1)
kinds: domain domain domain
endian: little
encoding: gzip
space origin: (0,0,0)
您必须更新此行：
space directions: (0.507812,0,0) (0,0.507812,0) (0,0,4)
真正的间距位于代码0028,0030（X和Y）和0018,0050（Z）下。