如何调整DICOM数据中的像素间距和切片厚度？

Question

我有几个患者的大型dicom mri数据集。对于每个患者，存在包括许多2d切片的.dcm文件的文件夹，并且每个患者的数据具有不同的大小。例如：

患者1：PixelSpacing = 0.8mm，0.8mm，SliceThickness = 2mm，SpacingBetweenSlices = 1mm，400x400像素

患者2：PixelSpacing = 0.625mm，0.625mm，SliceThickness = 2.4mm，SpacingBetweenSlices = 1mm，512x512像素

所以我的问题是如何将所有这些转换为{Pixel Spacing} = 1mm，1mm和{Slice Thickness = 1mm}？

感谢。

Answer 1

这是两个不同的问题：

1. 关于协调位置和像素间距，这些链接将有所帮助：

Finding the coordinates (mm) of identical slice locations for two MR datasets acquired in the same scanning session

Interpolation between two images with different pixelsize

http://nipy.org/nibabel/dicom/dicom_orientation.html

基本上，您希望构建目标卷并从源卷中最近的邻居插入每个像素。

1. 关于修改切片厚度：如果您真的想要修改切片厚度而不是切片距离，我认为没有任何机会使用您拥有的源数据正确执行此操作。这是因为厚度表示原始数据的宽度用于计算堆栈中切片的值（例如，通过平均或计算积分）。在源体积中切片厚度为2或2.4mm时，您将无法重建厚度为1 mm的灰度值。如果你的问题是指切片距离而不是切片厚度，则答案1适用。