R中的PCA和组

Question

我希望以前没有问过这个问题： 我想在R中创建一个简单的PCA。在那个PCA上，我希望对我的一些数据进行分组/着色（一些基因位于相同的染色体上）：

fviz_pca_ind(res.pca,
             col.ind = "cos2", # Color by the quality of representation
             gradient.cols = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             repel = TRUE     # Avoid text overlapping

非常感谢任何帮助，

Answer 1

请参阅本网站。简而言之，你需要一个“habillage”参数来进行分组。

http://www.sthda.com/english/wiki/fviz-pca-quick-principal-component-analysis-data-visualization-r-software-and-data-mining