彩色PCA取决于预定义的组？

Question

我有一个问题，当我尝试对某些基因表达数据进行PCA绘图时，我使用下面的代码绘制它，但我想根据Tissue所属的类别制作不同的颜色。

data <- read.table("rmaFinal.txt", row.names=1, sep="\t",header=TRUE, dec=".")
pca <- prcomp(t(data), cor=TRUE)
plot(pca$x, pch=20) 

我的数据格式为

      Tissue1 tissue2 tissue3
Gene1 1        2       3
Gene2 2        3       4
Gene3 3        4       5

我共有116种不同的组织，所有组织都可分为12类。因此，我有一个这样的列表，其中包含116种组织类型中的每一种。

category = c( "Seed","Seed","Seed","Stem","Seed","Seed","Seed","Mesocotyl","Spikelets")

我想根据给定样本中存在的12个类别中的哪一个来为我的PCA绘图着色。 我试过阅读，但我找不到的解决方案都没有为此工作。 如何将类别列表与PCA图表结合起来？

Answer 1

你想做这样的事吗？

library(FactoMineR)
iris.pca <- PCA(iris, quali.sup=5)
plot(iris.pca, habillage = 5, 
     col.hab = c("green", "blue", "red"), 
     title = "Dataset projected onto PC1-2 Subspace")

帽子提示：http://benmabey.com/presentations/pca-tutorial/#34