如何计算biopython中的密码子使用偏差（RSCU）

Question

我希望使用模块CodonUsage计算给定序列的RSCU值。在CodonUsage（here）的源代码中，RSCU值在函数generate_index内计算，该函数位于类CodonAdaptionIndex（在第101行计算的RSCU）内。如何访问generate_index？另外，我如何让我的脚本访问我的序列（到目前为止，他们在.txt上采用FASTA格式）。

感谢您阅读

Answer 1

您可以像这样导入该函数并生成CodonAdaptionIndex对象来访问该函数：

from Bio.SeqUtils import CodonUsage as CU

myIndex = CU.CodonAdaptationIndex()
myIndex.generate_index("/path/to/myFastaFile")

从文档中看起来，FASTA格式文件看起来非常好用。

Answer 2

对于Python 3+，请尝试使用CAI软件包，其中包括一个RSCU函数，该函数可以处理其他遗传密码：

numbers