为DNA比对序列创建序列标识

Question

如何为对齐的DNA序列创建序列标识？对于Kevin Murphy书中的给定序列（第2章，figure 2.5），我使用此wiki_link得出徽标我没有得到预期的结果。

DNA序列：

1. a t a g c c g g t a c g g c a
2. t t g g c c a a c c g c a
3. t c a c c a c a g a g c a
4. a t a a c c g c c a c c g c a
5. t t g g c t a a g g t a
6. t a c c c c t a c g a a
7. t t c g t t c c g c c
8. a t a t c g g t a c a g t a
9. a t a g c a g g a a c c a a
10. a c a t c c g a g g g a a

Answer 1

如果您不需要开发自己的版本：

有一个python库可以解决这个问题。

https://pypi.python.org/pypi/weblogo

或网络版

http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi

Answer 2

您可以使用上面添加的weblogo来做到这一点，这里有一些代码可以在python中实现

from Bio.Seq import Seq
from Bio import motifs
instances = df['binding'] #just input the list of DNA sequences 
m = motifs.create(instances)
m.weblogo('logo.png')

在这里，您必须提供实例作为DNA序列列表，结果将另存为logo.png，或者您可以根据需要将png更改为jpeg或tiff。