Question

我编写了一个脚本并使用循环创建了一个多重对齐fasta并将其存储在一个文件中。

concatenation = open ('example.fasta', 'w')
for key, value in concat.items():
    output = '>' + key + '\n' + value + '\n'
    concatenation.write(output)

我想使用AlignIO的功能将我的fasta转换为phylip（并打开一个新文件），但我无法找到解析我的'example.fasta'的方法。

这样做的最佳方式是什么？

Answer 1

如果您只想将biopython fasta对齐转换为phylip，则可以使用convert方法。

from Bio import AlignIO

AlignIO.convert("myFastaInputFile","fasta","myPhylipOutFile","phylip")

如果您需要先从文件中读取对齐方式，可以使用parse然后转换：

myAlignment = AlignIO.parse("myFastaAlignment","fasta")

从TextIOWrapper到Biopython解析

1 个答案: