Question

我试图从NCBI Entrez Gene数据库中检索并保存基因摘要，并希望保留uid，但是，尽管它在那里，我找不到正确的方法从结果中检索它。见下文（注意：显然不是我在这里使用的有效电子邮件地址）：

from Bio import Entrez
Entrez.email = "bogus@bogus.com"
handle = Entrez.esummary(db="gene", id="79001")
record = Entrez.read(handle)
handle.close()
for k in record["DocumentSummarySet"]['DocumentSummary'][0].keys():
    print k

这些是关键：

Status，NomenclatureSymbol，OtherDesignations，Mim，Name，NomenclatureName，CurrentID，GenomicInfo，OtherAliases，Summary，GeneWeight，GeneticSource，MapLocation，ChrSort，ChrStart，LocationHist，Organism，NomenclatureStatus，Chromosome，Description

但如果您查看元素本身(record["DocumentSummarySet"]['DocumentSummary'][0])，最后会注意到attributes={u'uid': u'79001'}：

DictElement(
    {u'Status': '0',
     u'NomenclatureSymbol': 'VKORC1',
     u'OtherDesignations': 'phylloquinone epoxide reductase',
     u'Mim': ['608547'],
     u'Name': 'VKORC1',
     u'NomenclatureName': 'vitamin K epoxide reductase complex subunit 1',
     u'CurrentID': '0',
     u'GenomicInfo': [
         {u'ChrAccVer': 'NC_000016.10',
          u'ChrLoc': '16',
          u'ExonCount': '4',
          u'ChrStop': '31090841',
          u'ChrStart': '31094998'}],
     u'OtherAliases': 'EDTP308, MST134, MST576, VKCFD2, VKOR',
     u'Summary': 'This gene [...] variants. [provided by RefSeq, Aug 2015]',
     u'GeneWeight': '46017',
     u'GeneticSource': 'genomic',
     u'MapLocation': '16p11.2',
     u'ChrSort': '16',
     u'ChrStart': '31090841',
     u'LocationHist': [
        {u'AssemblyAccVer': 'GCF_000001405.33',
         u'ChrAccVer': 'NC_000016.10',
         u'AnnotationRelease': '108',
         u'ChrStop': '31090841',
         u'ChrStart': '31094998'}],
     u'Organism': {
         u'CommonName': 'human',
         u'ScientificName': 'Homo sapiens',
         u'TaxID': '9606'},
     u'NomenclatureStatus': 'Official',
     u'Chromosome': '16',
     u'Description': 'vitamin K epoxide reductase complex subunit 1'},
     attributes={u'uid': u'79001'})

但＆＃39;属性＆＃39;不是关键之一。我还没有找到一种方法来访问属性中保存的uid。有人会有想法吗？

Answer 1

attributes只是DictElement的一个属性，您可以使用标准点访问它：

record["DocumentSummarySet"]['DocumentSummary'][0].attributes

Entrez.esummary（＆＃39; gene＆＃39; db）：如何从DictElement中检索uid？

1 个答案: