BioPython为PubMed查询编写程序

时间:2018-01-25 17:50:45

标签: python biopython pubmed

我必须要求用户提供查询,然后打印匹配的数量,以及前5个返回结果的标题,第一作者姓名,最后作者姓名。

到目前为止我所拥有的:

from Bio import Entrez
from Bio import Medline

pmquery = str(input("Enter the Pubmed query:"))
Entrez.email = "myemailadress@bdm.com"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term=pmquery,retmax=5)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()
print(record)

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

您存储在记录中的结果应该是字典或字典列表。您可以访问它,例如:

for entry in record:
    print(entry["Title"])

获取结果的标题。访问所需信息的字段(打印整个字典以查看它们的名称)并将循环限制为5次迭代。