Question

我正在使用BioPython通过eutils API查询Pubmed数据库。 esearch端点有一个排序选项，但API文档没有列出该值的所有选项。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#_chapter4_ESearch_

示例电话：

Entrez.esearch(db="pubmed", term=search_term, rettype=rettype, retmax=retmax,
               sort=sort_method)

我知道的值适用于sort_method：

'pub date'
'相关性'
'第一作者'
'最后一位作家'
'标题'
'轴颈'

但是，我不知道如何指定默认排序顺序，即“最新”;在实践中，这似乎按Pubmed ID值排序。 'recent'，'most recent'，'pmid'，'id'和'default'都给OutputMessage“Unknown sort schema ....”。

其他人知道如何明确指定默认订单吗？

Answer 1

如果我的问题是正确的，我不能100％确定。如果未指定排序顺序，则将使用默认排序顺序。

handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term='TRPV1')
records = Entrez.read(handle)
print('\n'.join(records['IdList']))

将按照PubMed网页上的顺序为您提供ID。

Answer 2

它是sort='relevance'。如果您访问PubMed网站并在网址sort=relevance中使用https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=dengue&sort=relevance&size=200，它将使用网站上显示的最佳匹配。当您使用sort=pubdate或sort=date时，它们分别是发布日期和最近。

Pubmed eutils esearch的排序选项？

2 个答案: