用于发布数据挖掘的Entrez和RISmed库

Question

我正在使用这个＆＃34; RISmed＆＃34;库可以对我感兴趣的基因或蛋白质进行一些查询，输出基本上都带有发布的ID，但大多数时候它都包含非特定的命中，这不是我感兴趣的。由于我只能看到发布的ID，我必须手动输入这些返回的ID并在NCBI中搜索它们以查看该论文是否符合我的兴趣。

问题：有没有办法可以将报纸的摘要或摘要类型与其中的ID一起返回，这可以在R中实现？

如果有人能提供帮助，那真的很棒..

Answer 1

使用手册中的the example我们需要EUtilsGet功能。

library(RISmed)

search_topic <- 'copd'
search_query <- EUtilsSummary(search_topic, retmax = 10,
                              mindate = 2012, maxdate = 2012)
summary(search_query)

# see the ids of our returned query
QueryId(search_query)

# get actual data from PubMed
records <- EUtilsGet(search_query)
class(records)

# store it
pubmed_data <- data.frame('Title' = ArticleTitle(records),
                          'Abstract' = AbstractText(records))