根据相关性从rentrez排序发布的搜索

Question

我正在使用R中的 rentrez 包搜索PubMed，并希望按相关性对结果进行排序。目前，它们按出版日期排序。

library(rentrez)

query = 'regression to the mean[TITL]'
entrez_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
paper_data = entrez_summary(db="pubmed", id=entrez_search$ids)
dates = extract_from_esummary(paper_data, c("pubdate"))

Answer 1

根据我的理解，“相关性”信息与给定的搜索相关联（不是记录摘要或可能稍后下载的完整记录），并且没有得分或类似的说明给定搜索结果的相关性。 entrez搜索返回的数据。

另一方面，我认为sort=relevance论证正在做点什么。如果您发送两次相同的搜索，则ID的顺序相同：

default_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
default_search_again = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
all(default_search$ids == default_search_again$ids)

[1] TRUE

而将订单设置为relevance会更改订单：

rel_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30, sort="relevance")
default_search$ids == rel_search$ids

 [1]  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[25] FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE

稍后调用summary，fetch和link函数应保持此顺序，因此这可能是跟踪相关性信息的最简单（唯一？）方式？

Answer 2

extract_from_esummary用于paper_data整体，并且正在调用选定的参数。在你的情况下，它是pubdate。

检查paper_data的结构时，例如通过使用str(paper_data)，您会注意到您可以作为extract_from_esummary的第二个参数的元素，例如按ISSN排序：

issn <- extract_from_esummary(paper_data, c("issn"))

不幸的是，我无法看到任何类似相关性的内容。