Question

我的总体目标是建立共同作者网络图。我有一份PubMed ID列表，这些是我对共同作者网络图表感兴趣的唯一出版物。我无法弄清楚如何使用rentrez在我的查询中同时获得作者姓名和各自的从属关系。我可以获得这两个信息，但是我的关联列表比我的作者列表少了300个，所以显然有些没有提供从属关系，但我无法弄清楚是谁。搜索作者和联盟的任何方式合并？ [当我在entrez_fetch中做了两个时，它只是给了我一份作者和附属机构的列表，所以我仍然无法弄清楚哪些隶属关系属于哪些作者。]

library(tidyverse)
library(rentrez)
library(XML)

trial<-entrez_fetch(db="pubmed", id=pub.list$PMID, rettype="xml", parsed=TRUE)
affiliations<-xpathSApply(trial, "//Affiliation", xmlValue)
first.names<-xpathSApply(trial, "//Author/ForeName", xmlValue)

这一切都运作正常，但由于长度不同，我无法弄清楚哪些作者与哪些隶属关系。

非常感谢任何帮助。谢谢！

Answer 1

您可以尝试以下方式：

xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
  author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])
  author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])
  c(author_name,author_affiliation)
  })

通过获取每个//Author节点的这些值，它在第一行中返回作者的姓氏，在第二行中返回它们的从属关系。

Answer 2

last.name<-xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
  author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])})

affiliation<-xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
  author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])})

这是我最终使用的，遵循NicE的格式并且它有效 - 我可以看到NA的联盟现在在哪里。

Answer 3

我接受了@NicE的代码和@Shirley的注释，并编写了这段代码：

lastname_affiliation <-data.frame(cbind(
    xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
        author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])
    }), 
    xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
        author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])
    })
))

感谢您使我走上正确的道路。

使用rentrez从pubmed解析作者和从属关系

3 个答案: