Question

有没有办法，使用Biopython，找出数据库的更新状态？

我正在尝试做这样的事情;

我有100000个医疗术语列表
7月1日，我检索了所有100000个条款的ID列表。
今天（7月3日）我想知道是否为100000个条款中的任何一个添加了新文章。

这样做的一种方法是重复整个过程（获取所有100000个术语），如下所示;

'termlist' = ['Malaria', 'Flu' ,...........]

for term in termlist:
    handle = Entrez.esearch(db = "pubmed", term = 'Malaria')
    record = Entrez.read(handle)
    record['Count']

有没有办法只找出今天发布的更新条款？

如果我的条款是更新列表的一部分，我只需要搜索更新的条款，而不是所有100000条款。

Answer 1

这里有所有与esearch相关的参数：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#chapter4.ESearch

您感兴趣的是：reldate，datetype，mindate和maxdate。如果将这些参数传递给esearch命令，Biopython只需将它们插入NCBI查询中。

# Retrieve the entries of the last 3 days
handle = Entrez.esearch(db = "pubmed", term = 'Malaria',
                        datetype = "edat", reldate = 3)

# Retrieve the entries between two dates:
handle = Entrez.esearch(db = "pubmed", term = 'Malaria',
                        mindate = "2014/07/03", maxdate = "2014/07/01")

此外，您可以使用语法加入术语来加快查询过程：

term = "Malaria+OR+Cancer+OR+Anopheles"

Biopython获取更新的数据库

1 个答案: