更快速地解析FASTQ文件？

Question

我目前有一个300,000多个FASTQ标识符代码列表，用于解析文件。

我的文件结构目前设置如下：

  

@ [FASTQ标识符] [随机文本]

     

[DNA序列]

     

+

     

[DNA序列质量评分]

在整个文件中重复这4行结构。我当前脚本的设置方式是从FASTQ文件中提取FASTQ标识符，看它是否存在于FASTQ标识符列表中。如果是，则将其写入输出文件。但是，解析这些文件所需的时间非常慢（特别是如果列表包含1E6 +标识符或FASTQ文件特别大）。有没有办法让我的脚本更快地处理FASTQ文件？

这是我解析代码的部分：

with open (input_r1_file,'r') as input_file:
while True:
    title = input_file.readline()
    sequence = input_file.readline()
    extra = input_file.readline()
    quality = input_file.readline()

    input_identifier = title.split(' ')[0][1:]
    if input_identifier in alpha_identifier_list:
        output_file_r1a.write(title)
        output_file_r1a.write(sequence)
        output_file_r1a.write(extra)
        output_file_r1a.write(quality)
        alpha_identifier.remove(input_identifier)
    else:
        pass
    if len(title) == 0:
        break