忽略R中热图的邻接矩阵中低于阈值的值

Question

我有一个邻接矩阵（netm），其共现主要是0＆＃39; s。我使用以下方式绘制热图：

<form class="form-horizontal">
<fieldset>

<!-- Form Name -->
<legend>Align Label Form</legend>

<div class="col-sm-6"><!-- Text input-->
<div class="form-group">
  <label class="col-sm-4 control-label" for="textinput">Left Align</label>
  <div class="col-sm-6">
    <input id="textinput" name="textinput" placeholder="placeholder" class="form-control input-md" type="text">
  </div>
</div>
</div>
<div class="col-sm-6"><!-- Text input-->
<div class="form-group">
  <label class="col-sm-4 control-label" for="textinput">Right Align</label>
  <div class="col-sm-6">
    <input id="textinput" name="textinput" placeholder="placeholder" class="form-control input-md" type="text">
  </div>
</div>
</div>
</fieldset>
</form>

如何忽略矩阵中某个阈值以下的值？我不想在我的图形共生矩阵中绘制低于3的值。

数据快照（共现矩阵）

require(gplots)
heatmap.2(netm,col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"),
    Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", scale="none", trace="none")

Answer 1

您可以将NA替换为不需要的值（例如0），并将它们保存在图中：

netm2 <- netm
netm2[netm2 == 0] <- NA
heatmap.2(netm2, col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"), Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", scale="none", trace="none")

或手动删除包含NA s：

的列/行

netm3 <- netm2[complete.cases(netm2), complete.cases(t(netm2))]
heatmap.2(netm3, col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"), Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", scale="none", trace="none")