R中的邻接矩阵

Question

我想从csv文件中找到包含以下信息的邻接矩阵：

A B 
1 2
1 3
1 4
2 5
3 7

等等。有100个节点，但每次我尝试创建一个矩阵并随后绘制图形时，错误是它是一个非方形矩阵。 有人可以帮我解决R中的正确代码吗？

Answer 1

你拥有的是边缘清单。您可以从中构建图形，然后将其转换为邻接矩阵：

library(igraph)

dat <- read.table(text="A B 
1 2
1 3
1 4
2 5
3 7", header=TRUE)

get.adjacency(graph.edgelist(as.matrix(dat), directed=FALSE))

这给了

7 x 7 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

[1,] . 1 1 1 . . .
[2,] 1 . . . 1 . .
[3,] 1 . . . . . 1
[4,] 1 . . . . . .
[5,] . 1 . . . . .
[6,] . . . . . . .
[7,] . . 1 . . . .

Answer 2

可能是这样的：

dat <- read.table(text="A B 
1 2
1 3
1 4
2 5
3 7", header=TRUE)

x <- table(dat)
x %*% t(x)

但也许你真的想要：igraph::graph.data.frame