我有一个类型的邻接矩阵:
IDvariant Amp-Lib1-100913_L1308034_IonXpress-10_TMAP.vcf Amp-Lib1-100913_L1308034_IonXpress-10_TMAP_2.vcf Amp-Lib1-100913_L1308034_IonXpress-10_TMAP_3.vcf
3496 1 1 0
3497 1 1 0
3498 1 1 0
3501 0 1 0
3502 0 1 0
...
列名中的样本名称,行名称中的变体ID,如果样本有变量,则为1,否则为0。
我想计算距离此矩阵的距离并绘制一个"群集树"和R的热图。
我按照以下步骤进行:
require(vegan)
data=read.table('adjacency_matrix.txt', header=T, row.names=1)
dist=vegdist(data, method='jaccard')
fit=hclust(dist, method='average')
png(filename='cluster_tree.png')
plot(fit, main='Clustering with Jaccard distance')
dev.off()
我得到一张崩溃的图表。我没有权利发布图片,否则我会展示。
如果有人可以帮助我,请提前谢谢。