使用预制的树状图在R中的Heatmap3中对样品进行排序

Question

我尝试使用heatmap3来查看我的细菌群落数据。我已经对样本进行了聚类，并且使用了hclust的树形图，我想用它在热图中订购我的样本，同时也显示树形图。但是，我放入heatmap3的数据文件已经崩溃到了一般级别，所以我以前的结构对于heatmap3来说并不是很明显，因此我不想让heatmap3尝试做它自己的聚类。

我尝试使用我的hclust对象作为树形图并将其传递给Colv，但是无论出于何种原因，我的热图中样本的顺序变得非常随机，而树形图看起来是正确的。当我在树形图中提取样本的顺序并按照这个顺序重新排序我的输入矩阵（没有树形图）时，我得到了可见的聚类。基本上我想要的是给热图我的树形图，它是我用hclust函数制作的，并让它按 顺序用上面的树形图订购样品，然后绘制热图中的相对丰度。我错过了什么？

不幸的是，我没有能够提供的数据或说明性示例。如果没有数据和R代码就无法回答这个问题，我会尽力把它放在一起。

Answer 1

您可以尝试pheatmap包参数cluster_rows和cluster_cols接受hclust对象。