如何使用在别处创建的预聚簇数据在R中创建树形图？

Question

我有用Java编写的集群代码，我可以从中创建一个嵌套的树结构，例如下面显示了树的一小部分，其中两个是退休的＆＃34;对象在第一次迭代中进行聚类，并且该组使用＆＃34; setIsRequired＆＃34;进行聚类。在第五次迭代中。簇中对象之间的距离显示在括号中。

  |+5 (dist. = 0.0438171125324851)
    |+1 (dist. = 2.220446049250313E-16)
      |-isRetired
      |-isRetired
    |-setIsRetired

我更希望以更传统的树形图样式呈现我的结果，看起来R有一些不错的功能，但因为我对R知之甚少，所以我不清楚如何利用它们。

我是否有可能从Java中将文件树结构写入文件，然后使用几行R代码生成树形图？在R程序中，我想做类似的事情：

1. 从文件读入数据结构（＆＃34; hclust＆＃34;对象？）
2. 将数据结构转换为树形图（使用＆＃34; as-dendrogram＆＃34;？）
3. 使用＆＃34; plot＆＃34;
显示树形图

我想这个问题归结为R是否提供了一种从文件中读取并将该字符串输入转换为（hclust）对象的简单方法。如果是这样，输入文件中的数据应该是什么样的？

Answer 1

我认为你要找的是phylog。您可以使用Newick表示法在一个文件中打印您的树，解析出来并构建一个您可以轻松查看的phylog对象。网页的结尾给出了如何执行此操作的示例。您也可以考虑phylobase。虽然您不需要这些包提供的全部功能，但您可以依靠它们用于表示树的构造及其绘图功能。

编辑：在here提供更简单的解决方案之前，有人向您询问了类似的问题。所以基本上你在这里编写代码的唯一事情就是你的Newick解析器或者你想从Java输出的任何其他表示的解析器。

Answer 2

ape（系统发育和进化分析）包中包含树状图绘制功能，并且能够在Newick format中读取树。因为它是一个可选包，所以您需要install它。理论上它易于使用，例如以下命令生成树形图：

> library("ape")
> gcPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
> plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)

到目前为止，我的主要抱怨是，当包含Newick格式的树信息的文件语法出现问题时，几乎没有诊断信息。我已经成功地使用其他工具读取这些相同的文件（在某些情况下，可能是因为这些工具对句法中的某些错误感到宽容）。

您还可以使用phylog包生成树形图，如下所示。

> library(ade4)
> newickString <- system("cat gc.tree", intern = TRUE)
> gcPhylog <- newick2phylog(newickString)
> plot(gcPhylog, clabel.nodes=1)

两者都可以使用Newick格式的树，并且都有许多绘图选项。