MuscleCommandline不在Biopython工作

Question

我需要将我的python脚本与肌肉工具集成以进行多序列比对。我按照Biopython上的教程，这里有我的代码：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
muscle_exe = "muscle.exe"
in_file = "small.fasta"
out_file = "aligned.fasta"
muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file)

print(muscle_cline)

我正在使用重命名的muscle.exe文件在正确的文件夹中运行它。但是，除了命令和文件aligned.fasta之外，python不会输出任何内容。 我看到了旧问题，但似乎没有人遇到过这个问题。 肌肉在正常命令行中正常工作。 谢谢。

Answer 1

manual在我看来有点令人困惑。 print不会启动肌肉，只会打印将要执行的命令。你可以通过调用

来运行肌肉

stdout, stderr = muscle_cline()

或没有BioPython

import subprocess
muscle_result = subprocess.check_output([muscle_exe, "-in", in_file, "-out", out_file])