使用acmeR包评估死亡率

时间:2017-11-09 23:05:05

标签: hessian

有一个相对较新的包装出现称为acmeR用于产生死亡率(鸟类和蝙蝠)的估计值,并且它考虑了诸如渗透之类的事情(胴体仍然存在但未被发现,然后在以后发现搜索?),降低搜索者的效率等。这是非常有用的,除非我似乎无法让它工作,尽管它看起来非常简单。数据结构应该是:

日期,采用美国格式mm / dd / yyyy或ISO 8601格式yyyy-mm-dd 时间,上午/下午美国格式HH:MM:SS AM或24小时ISO格式HH:MM:SS ID,每个carcas特有的任意不同的alpha字符串 物种,任意不同的alpha字符串(例如AOU,ABMP,IBP) 事件,“地点”,“检查”或“搜索”(仅限第一个字母计数) 找到,TRUE或FALSE(仅限第一个字母)

看起来像这样: “日期”,“时间”,“ID”,“物种”,“事件”,“找到”

“1/7/2011”,“08:00:00 PM”,“T091”,“UNBA”,“地方”,TRUE

“1/8/2011”,“12:00:00 PM”,“T091”,“UNBA”,“检查”,TRUE

“1/8/2011”,“16:00:00 PM”,“T091”,“UNBA”,“搜索”,错误

我的数据如下:

  • 日期:日期,格式:“2017-11-09”“2017-11-09”“2017-11-09”......
  • 时间:因子w / 644级别“1:00 PM”,“1:01 PM”,..:467 491 518 89 164 176 232 39 53 247 ...
  • 物种:因子w / 52级“AMCR”,“AMKE”,..:31 27 39 27 39 31 39 45 27 24 ...
  • ID:因子w / 199级别“GHBT001”,“GHBT002”,..:1 3 2 3 2 1 2 7 3 5 ...
  • 事件:因子w / 3级别“Check”,“Place”,..:2 2 2 3 3 3 1 2 1 2 ...
  • 找到:logi TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE ...

我也玩过日期,时间,事件等格式,尝试多种格式,因为我遇到了一些问题。以下是我遇到的一些错误,具体取决于我使用的数据子集:

  • optim中的错误(p0,f,rd = rd,method =“BFGS”,hessian = TRUE):由optim提供的非有限值另外:警告消息:在log(c(a0,b0,t0)中):NaNs产生
  • read.data中的错误(fname,spec = spec,blind = blind):期望日期格式YYYY-MM-DD(ISO)或MM / DD / YYYY(美国)美国
  • solve.default(rv $ hessian)出错:系统计算奇异:倒数条件数= 1.57221e-20
  • 警告信息:#Intrt(diag(Sig)[2]):NaNs产生
  • solve.default(rv $ hessian)中的错误:Lapack例程dgesv:系统完全是单数:U [2,2] = 0

最后一个错误是最常见的(请注意,我的数据是非数字的,sooooo ...我不确定在幕后做什么数学来得出这些方程式,然后在求解中失败),但其他人也很执着。有时,尽管格式在一个数据集中完全相同,但是当父数据集不存在时,该数据的子集将返回错误(与一个或另一个数据集中不存在的物种没有任何关系,据我所知)。

我找不到任何有关acmeR软件包的错误报告或问题 - 所以它可能完美运行而且我的数据是问题,但是在三位生态学家审查了数据并宣布它很好之后,我处于死路。

以下是数据的子集,因此您可以看到它们的外观:

  • 发现日期时间物种ID事件
  • 8 2017-11-09 1:39 PM VATH GHBT007 P T
  • 11 2017-11-09 2:26 PM CORA GHBT004 P T
  • 12 2017-11-09 2:30 PM EUST GHBT006 P T
  • 14 2017-11-09 6:43 AM CORA GHBT004 S T
  • 18 2017-11-09 8:30 AM EUST GHBT006 S T
  • 19 2017-11-09 9:40 AM CORA GHBT004 C T
  • 20 2017-11-09 10:38 AM EUST GHBT006 C T
  • 22 2017-11-09 11:27 AM VATH GHBT007 S F
  • 32 2017-11-09 10:19 AM EUST GHBT006 C F

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