Question

希望我能够很好地解释我的问题以获得答案 - 任何帮助都将受到赞赏。

我有一个数字，如果数据文件，我需要合并为一个。我使用for循环来执行此操作并添加一个列，指示它是哪个文件。

在这种情况下，有6个文件，每个文件最多包含100个数据条目。

当有6个文件时，我没有问题让它运行。

但是当我遇到问题时，我就会有更少的问题。

我想要做的是使用for循环来测试文件，并使用for循环变量来组合一个引用存在的文件的向量。

我似乎无法获取新变量来组合for循环变量的新值，因为它通过循环。

以下是我目前编写的示例代码。

for ( rloop1 in 1 : 6) {
ReadFile=paste(rloop1,SampleName,"_",FileName,"_Stats.csv", sep="")
if (file.exists(ReadFile))
**files_found <- c(rloop1)**
}

我正在寻找的是files_found将包含那些文件，其中1 ... 6对找到的文件有效。

此致史蒂夫

Answer 1

列出要加载的文件可能会更好，然后循环遍历该列表以加载它们。 list.files是你的朋友。我们可以使用正则表达式仅列出以"_Stats.csv"结尾的文件。例如，在我当前的工作目录中，我有以下文件：

$ ls | grep Stats
bar_Stats.csv
foobar_Stats.csv
foobar_Stats.csv.txt
foo_Stats.csv

其中只有三个是我要加载的csv文件（.txt文件与您显示的模式不匹配）。我们可以使用list.files()获取这些文件名：

> list.files(pattern = "_Stats.csv$")
[1] "bar_Stats.csv"    "foo_Stats.csv"    "foobar_Stats.csv"

然后你可以遍历它并读取文件。例如：

fnames <- list.files(pattern = "_Stats.csv$")
for(i in seq_along(fnames)) {
    assign(paste("file_", i, sep = ""), read.csv(fnames[i]))
}

这将在全局工作空间中创建一系列对象file_1，file_2，file_3等。如果您想要列表中的文件，则可以lapply代替fnames：

lapply(fnames, read.csv)

如果合适，do.call可能有助于合并列表中的文件：

do.call(rbind, lapply(fnames, read.csv))

Answer 2

如Henrik所示，使用list.files（）的方法要短得多。如果您不熟悉正则表达式（请参阅?regex），您可以这样做。

n <- 6
Fnames <- paste(1:n,SampleName,"_",FileName,"Stats.csv",sep="")
Filelist <- Fnames[file.exists(Fnames)]

完全等同。 paste和file.exists都是矢量化函数，因此您最好使用它。无论如何都不需要for循环。

要获取文件名的数量（假设这是唯一的数字），您可以这样做：

gsub("^[:digit:]","", Filelist)

另见?regex

Answer 3

我认为有更好的解决方案（例如，您可以使用list.files()扫描文件夹然后循环返回对象的长度），但这应该（我没试过）做的伎俩（使用您的示例代码）：

files.found <- ""    
for (rloop1 in 1 : 6) {
    ReadFile=paste(rloop1,SampleName,"_",FileName,"_Stats.csv", sep="")
    if (file.exists(ReadFile)) files_found <- c(files.found, rloop1)
}

或者，您可以通过以下方式获取fileNames（索引除外）：

files.found <- ""    
for (rloop1 in 1 : 6) {
    ReadFile=paste(rloop1,SampleName,"_",FileName,"_Stats.csv", sep="")
    if (file.exists(ReadFile)) files_found <- c(files.found, ReadFile)
}

最后，在你的情况下，list.files看起来像这样：

files.found <- list.files(pattern = "[[:digit:]]_SampleName_FileName_Stats.csv")

对于R中的循环问题

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