Question

我想知道我是否可以使用函数“TukeyHSD”来执行“aov（）”模型与一个因子（例如，GROUP）和一个连续协变量（例如，AGE）的所有成对比较。我做了例如：

library(multcomp)
data('litter', package = 'multcomp')
litter.aov <- aov(weight ~ gesttime + dose, data = litter)
TukeyHSD(litter.aov, which = 'dose')

我得到一条这样的警告信息：警告信息：在复制中（粘贴（“〜”，xx），data = mf）：忽略非因子：gesttime

此过程是否正确？警告信息的含义是什么？ “TukeyHSD”是否适用于非常不平衡的设计？

另外，上面和下面的流程有什么区别吗？

litter.mc <- glht(litter.aov, linfct = mcp(dose = 'Tukey'))
summary(litter.mc)

最好，苏

Answer 1

没有区别。 TukeyHSD()只是更想要告诉你潜在的问题。请注意，这是一条警告消息，而不是错误，这意味着结果可能不是您所期望的，但它们仍然会被返回，因此您可以自己判断。

至于它意味着什么，它意味着它所说的：非因子变量被忽略。请记住，您正在比较组之间的差异，并且使用因子进行分组，因此所有因素都是TukeyHSD()关注的。在您的情况下，您明确告诉函数只关心dose，这是因素，因此警告可能会被视为过于谨慎。

避免警告的一种方法是将gesttime转换为一个因子，因为它只包含四个级别，所以这样做是有道理的。

data('litter', package = 'multcomp')
litter$gesttime <- as.factor(litter$gesttime)
litter.aov <- aov(weight ~ gesttime + dose, data = litter)

TukeyHSD(litter.aov, which = 'dose')

TukeyHSD或在R，ANCOVA中的glht

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