Question

我对R很新，需要一些帮助才能让它进行我想要的分析（我在GraphPad Prism中做过的分析，但这不能处理大数据集）请。我有一个这样的数据框（简化）：

Gene Seq   RBP Sites.length
1    Short A   0.26
1    Short B   0.13
1    Short C   0.65
1    Long  A   0.00
1    Long  B   0.39
1    Long  C   1.82
2    Short A   0.13
2    Short B   0.00
2    Short C   0.00
2    Long  A   0.89
...etc...

我想知道平均值＆＃39; Sites.length＆＃39;之间是否存在显着差异。＆＃39; Short＆＃39;的值和＆＃39; Long＆＃39;每个RBP的Seq。我进行了ANOVA和TukeyHSD：

> aov_migr <- aov (Sites.length ~ Seq * RBP, data = my_data)
> migr_hsd <- TukeyHSD (aov_migr)

结果如下：

> summary(aov_migr)
              Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
Seq           1   0.03   0.031   0.434   0.51
RBP          34 206.86   6.084  86.264 <2e-16 ***
Seq:RBP      34   0.84   0.025   0.351   1.00
Residuals   910  64.18   0.071

> migr_hsd
                diff   lwr     upr   p adj
Short:A-Long:A  -0.012 -0.430  0.406 1
Long:B-Long:A   -0.039 -.0.457 0.379 1
Short:B-Long:A  -0.043 -0.460  0.375 1
Long:C-Long:A   0.556  0.138   0.974 8.909e-05
...etc...

问题是我需要TukeyHSD才能只比较“龙”和“龙”。和＆＃39;短＆＃39;相同的RBP（即只有Long：A v Short：A，Long：B v Short：B等），因为其他比较是没有意义的。将它们全部相互比较是增加调整后的p值，因为它正在纠正我不希望它执行的无意义比较。

有没有办法告诉TukeyHSD数据应该有＆＃39; Long＆＃39;和＆＃39;短＆＃39;对于每个RBP组合在一起/仅比较“龙”和“龙”。和＆＃39;短＆＃39;相同的RBP？

或者还有其他测试可以做到这一点吗？

更新：我已经尝试过许多其他测试，看看我是否可以在R-lme，manova，HSD.test（agricolae），glht（multcomp），因子图，SidakSD，Sidak，重复测量ANOVA（与Gene， Seq和RBP设置为因子）：

RM_aov <- aov(Sites.length ~ Seq * RBP + Error(Gene), data = mydata)

但是没有任何东西可以复制分析，我需要使用Graphpad Prism无法处理的更大数据集重复此分析。最接近的是aov / TukeyHSD（上述问题除外）和带有t.test的for循环（如下所述;但是在Prism分析中的一个比较给出了显着的结果，所有与此相比都不显着）：< / p>

# separate long and short into separate data frames where the column headers are the RBP names and each row is the Sites.length for a Gene
result <- data.frame()
for (rbp in colnames (short)) {
  test.result <- t.test (long [, rbp] - short [, rbp])
  result [rbp, 'p'] <- test.result$p.value
  }
result$p.adjusted <- p.adjust (result$p, method="bonferroni")

我执行的Graphpad Prism分析是：

重复测量双因素方差分析（告诉它给定基因的长＆＃39;以及＆＃39;短＆＃39;的值）
Sidak的多重比较测试（但与Bonferroni和Holm-Sidak多重比较测试的重要比较也很重要。）

有人可以帮忙吗？

ANOVA和TukeyHSD / post-hoc在R - 组中为TukeyHSD？

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