我刚刚做过ANCOVA或MANOVA吗？

Question

我正在尝试在这里做ANCOVA ...... 我想分析EROSION FORCE和ZONATION对每个POOL.STEP中所有物种（以小写字母列出）的影响（范围从1-12 / 1-4），同时控制对于FISH的影响。

我不确定我是否做得对。 ANCOVA的命令是什么？

到目前为止，我使用lm(EROSIONFORCE~ZONATION+FISH,data=d)，产生：

所以我在这里看到的是，侵蚀力百分比（拦截？）和亚光滑分区在某种程度上都是显着的，但是我仍然不确定我是否在这里正确地完成了ANCOVA，或者这只是一个方差分析？

Answer 1

一般来说，ANCOVA（协方差分析）只是一般线性模型的一个特例，有一个分类预测因子（因子）和一个连续预测因子（“协变量”），所以lm()是正确的函数使用。

然而......最重要的是，你在这里遇到了一个具有中等挑战性的统计问题，我强烈建议你尝试获得当地的帮助（如果你在一个研究小组内工作，你可以咨询其他人吗？您的小组有关适当的方法吗？）我建议您在CrossValidated或r-sig-ecology@r-project.org

上进行跟进

• 将EROSIONFORCE放在公式的左侧，您指定要将EROSIONFORCE用作响应（相关）变量，即您的模型正在估计不同区域和不同鱼类数量的侵蚀力如何变化 - 物种反应无关
• 如果你想分析单个物种对侵蚀和区域的反应，控制鱼数，你需要像
这样的东西

lm(`Acmaeidae s...` ~ EROSIONFORCE+ZONATION+FISH, data=your_data)

• 上面的lm()建议将每个物种独立，即你必须对每个物种进行单独的分析。如果您还想为每个POOL.STEP单独执行此操作，则必须执行单独分析的批次。在R中有多种自动化方式，最惯用的可能是将您的数据（请参阅reshape2::melt或tidy::gather）融入为长格式，然后使用{{1}来自lmList。
• 既然你有低数量的计数数据，即大量零（和一些大值），你应该考虑泊松或负二项模型，甚至可能考虑零膨胀/障碍模型（即分析存在 - 分别缺席和积极回应的大小）
• 如果你真的想要分析所有物种的联合分布（即多变量分析的响应，这是MANOVA中的M），你将不得不工作得很好有点难......有一些像Pierre Legendre，David Warton等人的各种联合物种分布模型......我建议你尝试从lme4包开始，但你可能需要做一些先阅读