如何使用盖革(Geiger)提取MANOVA中的系统发育校正P值?

时间:2019-04-02 02:36:36

标签: manova

我正在尝试编写一个循环,该循环为我提供了使用geiger进行的系统进化MANOVA多次迭代得到的所有p值和所有系统发育校正的p值的列表。我可以提取未校正的p值没问题,但是在尝试提取校正后的p值时,我总是收到“下标超出范围”的错误。任何有关如何执行此操作的想法将不胜感激。尝试使用geiger软件包中的示例代码执行此操作时,我遇到了同样的问题。

我正在使用的代码基本上与此完全相同,它将根据需要提取p值:

library(geiger)
geo=get(data(geospiza))
dat=geo$dat
d1=dat[,1]
grp<-as.factor(c(rep(0, 7), rep(1, 6)))
names(grp)=rownames(dat)


x=aov.phylo(dat~grp, geo$phy, nsim=50, test="Wilks")
print(attributes(x)$summary) # summary table
xs <- summary(x)
pp <- xs$stats
pp[1,6]

但是当我对其进行修改以获得系统发生校正的p值时,出现“下标超出范围”错误

pp[1,7]

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