将SeqIO字典写为Fasta文件

Question

我最初使用Bio.SeqIO.to_dict语句将我的fasta序列转换为字典。我想将一个子集化的字典写回fasta文件。

Test是一个python字典，其中fasta标题作为键，序列作为索引。

我的代码试图利用SeqIO.write：

with open("example.fasta", "w") as handle:
SeqIO.write(test, handle, "fasta")

AttributeError: 'str' object has no attribute 'id'

我担心将SeqIO生成器对象转换为字典，我无法轻易返回其他SeqIO函数所期望的输入。

Answer 1

我解决了这个问题。即使使用SeqIO.to_dict转换，字典的值也是原始生成器类。要将此字典写回Fasta，只需调用字典的值。

with open("example.fasta", "w") as handle:
SeqIO.write(test.values(), handle, "fasta")