合并基于id和date-R的数据集

时间:2017-10-26 18:54:27

标签: r date dplyr inner-join mutate

我正在尝试根据ID和日期将第二个数据集中的信息添加到我的第一个数据集中。如果ID匹配且日期为'介于'开始'和'结束',我想将颜色的值添加到df1。

$i=""

获得这样的结果:

    df1
    ID Date 
    1  3/31/2017
    2  2/11/2016
    2  4/10/2016 
    3  5/15/2015

   df2
   ID  start      end        colour
    1   1/1/2000 3/31/2011    blue
    1   4/1/2011  6/4/2012    purple
    1   6/5/2012  3/31/2017   blue
    2   5/1/2014  3/31/2017   red
    3   1/12/2012  2/12/2014  purple

可以使用以下代码创建:

    dat
    ID Date        colour
    1  3/31/2017   blue
    2  2/11/2016   red
    2  4/10/2016   red
    3  5/15/2015   NA 

我使用了类似问题的回复, Checking if Date is Between two Dates in R  并使用以下代码:

library(lubridate)
df1 <- tibble(ID = c(1,2,2,3), Date = mdy(c("3/31/2017","2/11/2016","4/10/2016","5/15/2015")))
df2 <- tibble(ID = c(1,1,1,2,3), start = mdy(c("1/1/2000","4/1/2011","6/5/2012","5/1/2014","1/12/2012")), end = mdy(c("3/31/2011","6/4/2012","3/31/2017","3/31/2017","2/12/2014")), colour = c("blue", "purple", "blue", "red", "purple"))

我收到以下错误:

介于两者之间的错误(df1 $ Date,df2 $ start,df2 $ end):   期待单个值:[extent = 355368]。

帮助?

非常感谢!

更新 -

非常感谢大家的回答。

我尝试了所有这些,但所有最终数据集的行数都不同于第一个数据集。我不确定发生了什么。我发布的数据与我正在使用的数据类似。是否有其他细节我应该通知你?我不知道从哪里开始......

4 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您的数据框似乎很大,您可以尝试data.table非equi join以高效的方式执行此操作:

library(lubridate)
library(data.table)

setDT(df1); setDT(df2)
df1[, Date := mdy(Date)]
df2[, c("start", "end") := .(mdy(start), mdy(end))]

df2[df1, .(ID = i.ID, Date = i.Date, colour), on=.(ID, start <= Date, end >= Date)]

#   ID       Date colour
#1:  1 2017-03-31   blue
#2:  2 2016-02-11    red
#3:  2 2016-04-10    red
#4:  3 2015-05-15     NA

答案 1 :(得分:1)

我复制了你的例子并给它一个解决方案。

library(tidyverse)
library(lubridate)

df1 <- data.frame(ID=c(1, 2, 2, 3), 
                  actual.date=mdy('3/31/2017', '2/11/2016','4/10/2016','5/15/2015')) 

df2 <- data.frame(ID = c(1, 1, 1, 2, 3),
              start = mdy('1/1/2000', '4/1/2011', '6/5/2012', '5/1/2014', '1/12/2012'),
              end = mdy('3/31/2011', '6/4/2012', '3/31/2017', '3/31/2017', '2/12/2014'),
              colour = c("blue", "purple", "blue", "red", "purple"))


df <- full_join(df1, df2, by = "ID") %>% 
  mutate(test = ifelse(actual.date <= end & actual.date > start, 
                       TRUE, 
                       FALSE)) %>% 
  filter(test) %>% 
  left_join(df1, ., by = c("ID", "actual.date")) %>% 
  select(ID, actual.date, colour)

(不需要rubridate包,但输入日期很方便)

请下次提供一个可重复的示例,以便我们不必手动重写数据!

答案 2 :(得分:1)

使用sqldf

的另一种选择
library(sqldf)
df1$Date <- as.Date(df1$Date, "%m/%d/%Y")
df2$start <- as.Date(df2$start, "%m/%d/%Y")
df2$end <- as.Date(df2$end, "%m/%d/%Y")
sqldf({"
  SELECT df1.*, df2.colour FROM df1 
  INNER JOIN df2
  ON df1.ID = df2.ID AND df1.Date <= df2.end AND df1.Date >= df2.start
"})

答案 3 :(得分:1)

dplyr使用non standard evaluation,因此您可以转储所有数据框名称和$,并且您的代码基本上以正确的方向开始。您还需要进行一些隐式转换,以便最终得到您指定的数据框,但下面的内容将为您提供帮助。

dat <- 
    df1 %>% 
    inner_join(df2) %>%
    rowwise %>% 
    mutate(match = ifelse(between(Date, start, end), 1 , NA)) %>%
    arrange(ID, Date, desc(match)) %>%
    ungroup %>% 
    group_by(ID, Date) %>% 
    mutate(best = row_number(ID), 
           colour = if_else(is.na(match), NA_character_, colour)) %>%
    filter(best == 1) %>% 
    select(ID, Date, colour) 
> dat
    # A tibble: 4 x 3
    # Groups:   ID, Date [4]
         ID       Date colour
      <dbl>     <date>  <chr>
    1     1 2017-03-31   blue
    2     2 2016-02-11    red
    3     2 2016-04-10    red
    4     3 2015-05-15   <NA>